شهدت مراحل تشكيل حكومة الوفاق خلافات كثيرة منذ أن كان المجلس الرئاسي يعقد اجتماعاته في تونس للتشاور حول تشكيلها وما أعقب ذلك من رفض لعدد الحقائب التي اعتبر عددها مبالغا فيه ليعود الرئاسي بتشكيلة أخرى تكونت من ثلاث عشرة حقيبة.
التشكيلة الوزارية واجهت معارضة كبيرة خاصة بعد دخول المجلس الرئاسي إلى طرابلس دون تطبيق بنود الاتفاق وما يتعلق بالترتيبات الأمنية وبقاء المجموعات المسلحة في مواقعها داخل العاصمة ومقاطعة عضوي الرئاسي علي القطراني وعمر الأسود لاجتماعاته وما أعقب ذلك من مظاهرات خرجت في عدة مدن مطالبة بإسقاط المجلس الرئاسي برمته.
