يعاني مركز بنغازي الطبي كبقية المرافق الصحية في المدينة من جملة من المشاكل التي تعيق عمله، أبرزها نقص الإمداد الطبي ومستلزمات التشغيل، بالإضافة إلى المشاكل في الحوالات المصرفية للأطقم الطبية الأجنبية التي تمت الاستعانة بها لتعويض النقص، وتكرار عمليات الاعتداء على الكادر الطبي .
