تواجه الآثار الليبية مخاطر متعددة الأشكال، أبرزها يتجسد في التهديد بسرقة القطع الأثرية، ونيران الأسلحة التي تطال مواقعها، الأمر الذي يشكل هاجسا مستمرا للجهات الحكومية، في وضع خطط للحماية أو اتفاقيات دولية تحمي هذه المواقع.
هذا ونشطت العصابات في هذا المجال،وواصلت تهريبها للآثار من ليبيا بطرق غير قانونية في الآونة الاخيرة.
